La définition des zones sur lesquelles peuvent s’appliquer des programmes d’action est référencée dans l’article R114-1 du Code rural et de la pêche maritime.

Les modalités administratives de leur délimitation sont précisées dans les articles R114-3, R114-4 et R114-5 de ce même code. Dans le cas général, la délimitation fait l’objet d’une consultation spécifique et est arrêtée par le préfet après avis du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques CODERST), de la chambre d'agriculture et, le cas échéant, de la commission local de l'eau. Les avis sont réputés favorables s'ils n'interviennent pas dans un délai de deux mois à compter de la transmission du projet.

Par ailleurs, le projet d'arrêté est soumis durant 21 jours à la consultation du public sur le site internet des services de l’État de la Haute-Saône (article L120-1 du code de l'environnement).

Pour chaque zone délimitée ou envisagée, le préfet établit un programme d'action conformément à l'article R114-6 du Code rural et de la pêche maritime. Ce programme :

- définit les mesures à promouvoir par les propriétaires et les exploitants,

- détermine les objectifs à atteindre selon le type d'action et les délais correspondants,

- expose les effets escomptés sur le milieu et précise les indicateurs quantitatifs qui permettront de les évaluer,

Le programme d'action est également soumis à la consultation prévue par l'article R114-3 ainsi qu'à l'avis de l'EPTB le cas échéant, avant d'être arrêté par l'autorité préfectorale.